Thunderbird tekee hakemistoon %userprofile%\Application Data\Thunderbird\Profiles jokaiselle profiilille oman alihakemiston, jossa määritellään profiilin asetukset.
Profiilin asetuksissa kannattaa säätää prefs.js tiedostosta automaattiset päivitykset pois päältä asettamalla user_pref(”app.update.enabled”, false);
Profiilihakemistoon voi kopioida cert8.db, jossa määritellään valmiiksi hyväksyttyjä sertifikaatteja.
Thunderbird tarkastaa onko se oletussähköpostiohjelma kahdesta registryavaimesta, joissa pitää olla arvo [ROOTDRIVE]PROGRA~1\MOZILLA.ORG\THUNDE~1\THUNDE~1.EXE -compose %1. Isot kirjaimet ja lyhyet (8.3) tiedostonimet ovat pakollisia. Polku tietysti osoittaa oikeaan asennushakemistoon.