Tympeä

Tämä sivu on vain luettavissa. Voit katsoa sen lähdekoodia, mutta et muuttaa sitä. Kysy ylläpitäjältä jos pidät tätä estoa virheellisenä.
====== R ======

===== R 3.2 =====
Uusin testattu versio: 3.2.4

Lataa [[http://cran.r-project.org/bin/windows/base/|R 3.2.4:n asennuspaketti]]. Oletetaan, että paketointiasennuskone 
käyttää 64-bittistä käyttöjärjestelmää. Käynnistä asennuspaketti ja valitse joko 32- tai 64-bittiset tiedostot 
Core-tiedostojen lisäksi ja suorita asennus loppuun oletusasetuksin. 

Asennuksen jälkeen käynnistä RGui Run as administratorina ja suorita seuraavat komennot sen komentorivillä saadaksesi asennupakettiin mukaan Turun yliopistolla 
käytössä olevat R:n lisäpaketit:

''install.packages("ctv")'' (Tämän käskyn jälkeen valitse CRAN mirroriksi Sweden.)\\
''library(ctv)''\\
''install.views("Finance")''\\
''install.views("Econometrics")''\\
''install.packages("limSolve")''\\
''install.packages("coin")''\\
''install.packages("itertools")''\\
''install.packages("languageR")''\\
''install.packages("party")''\\
''install.packages("MatchIt")''\\
''install.packages("rootSolve")''\\
''install.packages("TSA")''\\
''install.packages("ltm")''\\
''install.packages("ISwR")''\\
''install.packages("genetics")''\\
''install.packages("RGenetics")''\\
''install.packages("popgen")''\\
''install.packages("SASmixed")''\\
''install.packages("stashR")''\\
''install.packages("combinat")''\\
''install.packages("JGR")''\\
''install.pacakges("lavaan")''\\
''install.packages("car")''\\
''install.packages("drc")''\\
''install.packages("epade")''\\
''install.packages("fmsb")''\\
''install.packages("Hmisc")''\\
''install.packages("mcr")''\\
''install.packages("moments")''\\
''install.packages("multcomp")''\\
''install.packages("nlme")''\\
''install.packages("OptimalCutpoints")''\\
''install.packages("pROC")''\\
''install.packages("psych")''\\
''install.packages("gplots")''\\
''install.packages("ResourceSelection")''\\
''install.packages("xlsx")''\\
''source("https://bioconductor.org/biocLite.R")''\\
''biocLite("Rsubread")''\\
''biocLite("Rsamtools")''\\
''biocLite("rtracklayer")''\\
''biocLite()''\\
''biocLite("DESeq")''\\
''biocLite("GenomicFeatures")''\\
''biocLite("beadarray")''\\
''biocLite("chipseq")''\\
''biocLite("cluster")''\\
''biocLite("edgeR")''\\
''biocLite("estrogen")''\\
''biocLite("fpc")''\\
''biocLite("gplots")''\\
''biocLite("hgu95av2cdf")''\\
''biocLite("hgu95av2probe")''\\
''install.packages("MASS")''\\
''install.packages("klaR")''\\
''install.packages("neuralnet")''\\
''install.packages("ggplot2")''\\
''install.packages("reshape2")''\\
''install.packages("lda")''\\


Näiden pakettien asennuksen jälkeen sulje RGui. Ota regeditillä talteen seuraavat rekisteriavaimet:

''HKLM\SOFTWARE\Classes\.Rdata''\\
''HKLM\SOFTWARE\Classes\RWorkspace''\\
''HKLM\SOFTWARE\R-core'' (64-bittinen asennus)\\
''HKLM\SOFTWARE\Wow6432Node\R-core'' (32-bittinen asennus).

32-bittisessä asennuksessa poista .reg-tiedostosta viittaukset Wow6432Nodeen. Yhdistä registry-tiedostot 
ja talleta yhdistetyt registry-arvot tiedostoon regentries.reg. Kopioi C:\Program Files\R talteen ja 
näistä tiedostoista ja registry-arvoista [[ohjeet:wix|.msi-paketti]].


===== R 2.15 =====

Lataa [[http://cran.r-project.org/bin/windows/base/|R 2.15.1:n asennuspaketti]]. Oletetaan, että paketointiasennuskone 
käyttää 64-bittistä käyttöjärjestelmää. Käynnistä asennuspaketti ja valitse joko 32- tai 64-bittiset tiedostot 
Core-tiedostojen lisäksi ja suorita asennus loppuun oletusasetuksin. 

Asennuksen jälkeen käynnistä RGui Run as administratorina ja suorita seuraavat komennot sen komentorivillä saadaksesi asennupakettiin mukaan Turun yliopistolla 
käytössä olevat R:n lisäpaketit:

''install.packages("ctv")'' (Tämän käskyn jälkeen valitse CRAN mirroriksi Sweden.)\\
''library(ctv)''\\
''install.views("Finance")''\\
''install.views("Econometrics")''\\
''install.packages("limSolve")''\\
''install.packages("xlsReadWrite")''\\
''install.packages("coin")''\\
''install.packages("futile")''\\
''install.packages("itertools")''\\
''install.packages("languageR")''\\
''install.packages("party")''\\
''install.packages("MatchIt")''\\
''install.packages("rootSolve")''\\




Näiden pakettien asennuksen jälkeen sulje RGui. Ota regeditillä talteen seuraavat rekisteriavaimet:

''HKLM\SOFTWARE\Classes\.Rdata''\\
''HKLM\SOFTWARE\Classes\RWorkspace''\\
''HKLM\SOFTWARE\R-core'' (64-bittinen asennus)\\
''HKLM\SOFTWARE\Wow6432Node\R-core'' (32-bittinen asennus).

32-bittisessä asennuksessa poista .reg-tiedostosta viittaukset Wow6432Nodeen. Yhdistä registry-tiedostot 
ja talleta yhdistetyt registry-arvot tiedostoon regentries.reg. Kopioi C:\Program Files\R talteen ja 
näistä tiedostoista ja registry-arvoista [[ohjeet:wix|.msi-paketti]].